根據(jù)《中華人民共和國公司法》（中華人民共和國主席令第42號）第十四條規(guī)定：“公司可以設(shè)立分公司。設(shè)立分公司，應(yīng)當(dāng)向公司登記機關(guān)申請登記，領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照。分公司不具有法人資格，其民事責(zé)任由公司承擔(dān)。”
“公司可以設(shè)立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔(dān)民事責(zé)任?！?/span>
由此可見，在主體法律地位上它們是完全不同的：
1、子公司在法律上是一個獨立的法人，依法獨立承擔(dān)民事責(zé)任，即：以自己的名義進行各類民事經(jīng)濟活動;獨立承擔(dān)公司行為所帶來的一切后果與責(zé)任。
2、分公司在法律上不是一個獨立的法人，不具有獨立承擔(dān)民事責(zé)任的資格，也就是說它在法律上是從屬于總公司的一個分支機構(gòu)，不是獨立的個體。
二、在關(guān)聯(lián)關(guān)系上的區(qū)別
1、子公司：
母公司與子公司之間一般表現(xiàn)的是股份的控制與被控制關(guān)系，也許是全資控制，也許是最大股東的控制。子公司在經(jīng)濟和決策上受母公司的支配與控制，但在法律上，子公司是獨立的法人。
子公司擁有獨立的名稱和公司章程;具有獨立的組織機構(gòu);擁有獨立的財產(chǎn)。
子公司實行獨立核算、自負盈虧。
2、分公司：
總公司與分公司之間一般表現(xiàn)為是總機構(gòu)與分機構(gòu)的關(guān)系，具有從屬的特性。分公司在本質(zhì)上就是總公司的一個安置在異地的派出機構(gòu)。
分公司一般都不是完全獨立核算單位，盈虧只是一種業(yè)績考核。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能擁有子公司。
三、在稅務(wù)處理上的區(qū)別
（一）子公司的處理
子公司是作為獨立法人，實行獨立核算并獨立申報納稅，是完全獨立的納稅人，承擔(dān)全面的納稅義務(wù)。
（二）分公司的處理
分公司作為分支機構(gòu)的一種，適用總分機構(gòu)的相關(guān)政策。
總機構(gòu)和分支機構(gòu)應(yīng)依法辦理稅務(wù)登記，接受所在地主管稅務(wù)機關(guān)的監(jiān)督和管理。
1、企業(yè)所得稅方面
（1）根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務(wù)總局公告2012年第57號)（以下簡稱“稅總2012年57號公告”）規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，該居民企業(yè)為跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)（以下簡稱匯總納稅企業(yè)）。 匯總納稅企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分攤，各分支機構(gòu)根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。
（2）對于以總機構(gòu)名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構(gòu)，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，也無法提供“稅總2012年57號公告”第二十三條規(guī)定的相關(guān)證據(jù)證明其二級及以下分支機構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。
（3）根據(jù)《浙江省國家稅務(wù)局浙江省地方稅務(wù)局關(guān)于省內(nèi)跨市、縣經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征管問題的公告》（浙江省國家稅務(wù)局浙江省地方稅務(wù)局公告2013年第3號）規(guī)定，浙江省內(nèi)匯總納稅企業(yè)所得稅計算、預(yù)繳、匯算清繳管理參照“稅總2012年57號公告”執(zhí)行。
因此，對于分公司的企業(yè)所得稅管理：符合規(guī)定條件的匯總納稅的分公司，實行“就地預(yù)繳、匯總清算”；無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，又無法證明分支機構(gòu)的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅；分公司實行獨立核算、不匯總納稅的，按照獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。
對于列名企業(yè)的下屬二級分支機構(gòu)均應(yīng)按照企業(yè)所得稅的有關(guān)規(guī)定向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機關(guān)報送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報表或其他相關(guān)資料，但其稅款由總機構(gòu)統(tǒng)一匯總計算后向總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)繳納。如：《國家稅務(wù)總局關(guān)于中國工商銀行股份有限公司等企業(yè)企業(yè)所得稅有關(guān)征管問題的通知》（國稅函[2010]184號）的列名企業(yè)。
2、增值稅方面
1、分公司（屬于分支機構(gòu)的組成部分，為便于與文件對接，以下統(tǒng)稱分支機構(gòu)）銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)的增值稅的納稅地點
根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條規(guī)定，固定業(yè)戶應(yīng)當(dāng)向其機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅?？倷C構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。因此，分支機構(gòu)的增值稅一般情況下就地申報納稅。
但是，該條同時規(guī)定，經(jīng)國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門或者其授權(quán)的財政、稅務(wù)機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于固定業(yè)戶總分支機構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》（財稅[2012]9號）對上述規(guī)定進一步明確：固定業(yè)戶的總分支機構(gòu)不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內(nèi)的，經(jīng)?。▍^(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局審批同意，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納增值稅。?。▍^(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局應(yīng)將審批同意的結(jié)果，上報財政部、國家稅務(wù)總局備案。
在實際工作中，增值稅由總機構(gòu)統(tǒng)一匯總核算、統(tǒng)一申報繳納的主要是連鎖經(jīng)營企業(yè)。如：《浙江省國家稅務(wù)局關(guān)于連鎖經(jīng)營企業(yè)增值稅匯總納稅有關(guān)問題的通知》（浙國稅流[2005]76號）第三條規(guī)定，“經(jīng)批準匯總繳納增值稅的連鎖經(jīng)營企業(yè)總店應(yīng)按統(tǒng)一核算的當(dāng)月應(yīng)繳增值稅總額向所在地主管國稅機關(guān)申報納稅，即總店應(yīng)納增值稅=所有總、門店銷項稅額-所有總、門店進項稅額；門店應(yīng)納增值稅為零。”因此，增值稅匯總繳納需要總機構(gòu)統(tǒng)一核算，分支機構(gòu)獨立核算的不能匯總繳納。
（2）統(tǒng)一核算的總分機構(gòu)之間的貨物移送作視同銷售的特殊規(guī)定
先將相關(guān)規(guī)定歸集：
①《增值稅暫行條例實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項：設(shè)有兩個以上機構(gòu)并實行統(tǒng)一核算的納稅人，將貨物從一個機構(gòu)移送其他機構(gòu)用于銷售，但相關(guān)機構(gòu)設(shè)在同一縣（市）的除外。
②《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號）規(guī)定，《實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第（3）項所稱的用于銷售，是指受貨機構(gòu)發(fā)生以下情形之一的經(jīng)營行為：向購貨方開具發(fā)票；向購貨方收取貨款。受貨機構(gòu)的貨物移送行為有上述兩項情形之一的，應(yīng)當(dāng)向所在地稅務(wù)機關(guān)繳納增值稅；未發(fā)生上述兩項情形的，則應(yīng)由總機構(gòu)統(tǒng)一繳納增值稅。如果受貨機構(gòu)只就部分貨物向購買方開具發(fā)票或收取貨款，則應(yīng)當(dāng)區(qū)別不同情況計算并分別向總機構(gòu)所在地或分支機構(gòu)所在地繳納稅款。
③《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》（國稅函[2002]802號）規(guī)定，納稅人以總機構(gòu)的名義在各地開立賬戶，通過資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構(gòu)直接向購貨方開具發(fā)票的行為，不具備《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)[1998]137號）規(guī)定的受貨機構(gòu)向購貨方開具發(fā)票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應(yīng)稅收入應(yīng)當(dāng)在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。
一開始看實行統(tǒng)一核算納稅人的機構(gòu)之間貨物移送視同銷售處理上述三個文件很難理解，感覺好饒口舌，慢慢思考后悟出了道道：
實行統(tǒng)一核算納稅人的總分機構(gòu)之間，總機構(gòu)將貨物移送到分支機構(gòu)，如果分支機構(gòu)將移送到的貨物對外銷售時使用分支機構(gòu)當(dāng)?shù)氐陌l(fā)票向購貨方開具發(fā)票或者向購貨方收取貨款，只要滿足這兩個條件之一的，這部分貨物銷售的增值稅需要在分支機構(gòu)所在地繳納稅款。總機構(gòu)在貨物移送時就需要視同銷售，開具專用發(fā)票給分支機構(gòu)抵扣。但如果總機構(gòu)統(tǒng)一收款、統(tǒng)一開票，這部分貨物銷售應(yīng)當(dāng)在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。
（3）營改增（即應(yīng)稅服務(wù)）納稅人總機構(gòu)匯總繳納增值稅規(guī)定
根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于重新印發(fā)〈總分機構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》（財稅[2013]74號）規(guī)定，經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局批準的總機構(gòu)試點納稅人及其分支機構(gòu)，可以按該辦法匯總計算申報繳納增值稅。
營改增納稅人總、分支機構(gòu)匯總申報繳納增值稅時，僅對應(yīng)稅服務(wù)項目進行匯總，總、分支機構(gòu)銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)，按照增值稅暫行條例及相關(guān)規(guī)定就地申報繳納增值稅。
總機構(gòu)將總分機構(gòu)應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)的應(yīng)交增值稅進行匯總,抵減各分支機構(gòu)對應(yīng)應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)已繳納的增值稅稅款后，在總機構(gòu)所在地申報繳納增值稅。
各分支機構(gòu)發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)，按照應(yīng)征增值稅銷售額和預(yù)征率計算繳納增值稅。計算公式如下：
應(yīng)預(yù)繳的增值稅＝應(yīng)征增值稅銷售額×預(yù)征率
預(yù)征率由財政部和國家稅務(wù)總局規(guī)定，并適時予以調(diào)整。
總之，子公司是獨立的納稅人，完整的納稅主體。分公司是從屬于總公司的，一般情況下，在增值稅上按照屬地原則作為獨立納稅人就地獨立申報納稅，但經(jīng)審核確認，符合條件的也可以匯總繳納，其中營改增應(yīng)稅服務(wù)部分需要按預(yù)征率預(yù)繳；在所得稅上，獨立核算的作為獨立納稅人就地獨立申報納稅，統(tǒng)一核算的實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
